Fernando de Noronha ist als Schutzgebiet ausgewiesen. Wie bei anderen Inseln Brasiliens auch ist deren Besucherzahl aus Naturschutzgründen pro Tag beschränkt. Theoretisch sieht der aus dem Jahr 2005 stammende Pflegeplan des Parque Nacional Marinho da Ilha eine maximale Besucherzahl von 89.000 pro Jahr vor. Von der Regierung des Bundesstaates Pernambuco wird indes ein Limit von 104.000 vorgegeben.
Über die Grenzen wird hingegen seit zwei Jahrzehnten diskutiert. Umweltsekretär Carlos Cavalcante fordert neue Regeln. Er verweist darauf, dass viele Unternehmer der Insel mittlwerweile ihre Strukturen verbessert hätten und dies unter der Beachtung von Umweltschutzkriterien geschehen sei.
Zu dem Boom beigetragen hat unter anderem auch die Regierung des Bundesstaates Pernambuco. Sie hat mit weiteren Genehmigungen zum Ausbau der Flugzahl nach Fernando de Noronha beigetragen. In der Hochsaison wird die Insel täglich achtmal angeflogen. Hinzu gekommen ist zudem ein neuer Sektor, der Luxustourismus. Der wird mit neu errichteten Luxuspousadas und Luxusrestaurants bedient.
Der Boom bringt aber auch Probleme mit sich. Während die Zahl der Besucher zugenommen hat, konnten der Ausbau der Kanalisation und die Trinkasserversorgung nicht mithalten. Nur 53 Prozent der Gebäude sind an die Kanalisation angeschlossen und die Wasserhähne bleiben immer öfter trocken.
Darüber hinaus müssen Touristen Warteschlangen und teilweise zwei Tage Wartezeit auf sich nehmen für das Besichtigen einiger Natur-Sehenswürdigkeiten oder geführte Wanderungen.